Cơ chế bệnh sinh điều tra sự phát triển của một bệnh và chuỗi các sự kiện liên quan đến nó, từng bước xác định sự thay đổi chức năng hình thái của các tế bào và mô thuộc về các cơ quan bị ảnh hưởng. Những thay đổi này có thể được gây ra bởi các tác nhân hóa học, vật lý hoặc sinh học (virus, vi khuẩn, v.v.).
Trong khi nguyên nhân xác định nguyên nhân, cơ chế bệnh sinh nghiên cứu hậu quả của nó.
Do đó, khi đọc các văn bản y khoa, chúng ta có thể gặp các thuật ngữ như: sinh bệnh học vi khuẩn, sinh bệnh viêm nhiễm, sinh bệnh học virus, sinh bệnh ác tính (xu hướng của bệnh, thường là khối u, dần dần xấu đi cho đến khi nó trở nên nguy hiểm). Nhiều bệnh nhận ra các yếu tố nguyên nhân khác nhau (nguyên nhân đa yếu tố) và thậm chí nhiều hơn là những bệnh được đặc trưng bởi các cơ chế tiến hóa khác nhau (nhiều mầm bệnh).