Nguồn gốc chính xác của virus Marburg vẫn chưa được biết. Hiện tại, người ta tin rằng căn bệnh mà nó phải chịu trách nhiệm có thể là bệnh zoon, được duy trì bởi một hoặc nhiều động vật có nguồn gốc ở lục địa châu Phi. Tuy nhiên, nghiên cứu được thực hiện cho đến nay vẫn chưa cho phép xác định ổ chứa tự nhiên của bệnh, mặc dù nhiều động vật có xương sống và động vật chân đốt đã được phân tích.
Theo Tổ chức Y tế Thế giới, con người không phải là một phần của chu kỳ tự nhiên của vi-rút, do đó, nhiễm trùng về cơ bản sẽ là do tiếp xúc thông thường với một linh trưởng bị nhiễm bệnh khác. Trên thực tế, sự lây truyền đã được ghi nhận qua một số loài khỉ, có thể đóng vai trò là "khuếch đại khách" cho virus Marburg. Hơn nữa, một số bằng chứng cho thấy linh trưởng có thể lần lượt bị nhiễm bệnh khi tiếp xúc với dơi .
