Độ pH của phân thường trung tính hoặc hơi kiềm (6, 8 - 7, 5). Phân có tính axit hơn, chỉ sinh lý ở trẻ sơ sinh, có thể chỉ ra nhiễm trùng đường ruột (Escherichia coli, Rotavirus) hoặc rối loạn tiêu hóa, chẳng hạn như không dung nạp đường sữa hoặc chất béo (thiếu máu tụy hoặc ứ đọng đường mật).
Nếu độ pH của phân có xu hướng tăng lên trong sự hiện diện của rối loạn tiêu hóa, nó có xu hướng đi xuống trong sự hiện diện của chứng khó thở lên men, nguyên nhân có nguồn gốc được tìm thấy trong việc ăn quá nhiều carbohydrate hoặc trong một sự hấp thụ xấu của cùng một bệnh (bệnh celiac) . Ngay cả khi có lượng lipid dồi dào, trong chế độ ăn chay và nhịn ăn kéo dài, độ pH của phân trở nên có tính axit.
Để tránh làm sai lệch kết quả kiểm tra, phân không được nhiễm nước tiểu và phải được làm lạnh nhanh để ngăn ngừa amoniac trong nước tiểu và vi khuẩn khử hoạt tính làm cho pH phân bị kiềm.