Ngoài các biện pháp bảo vệ cá nhân và kiểm soát môi trường của người mang mầm bệnh, viêm não Nhật Bản có thể được ngăn ngừa bằng cách tiêm phòng.
Vắc-xin Ixiaro, đã được FDA (Cơ quan Quản lý Thực phẩm và Dược phẩm Hoa Kỳ) phê duyệt và được EMEA (Cơ quan Dược phẩm Châu Âu) ủy quyền, được tiêm bắp ở vùng deltoid (trên cánh tay) được tiêm 4 tuần sau lần đầu tiên. Để tiêm chủng tích cực tốt, chu kỳ tiêm chủng phải được hoàn thành ít nhất một tuần trước khi tiếp xúc với virus viêm não Nhật Bản.
Vắc-xin viêm não Nhật Bản được khuyến nghị cho những du khách ở ngoài trời trong một thời gian dài ở các khu vực lưu hành, trong mùa mà việc lây nhiễm bệnh có nhiều khả năng; tuy nhiên, nó không được chỉ định cho những người dưới 18 tuổi, mang thai và cho con bú.
