Nguồn gốc của virus Ebola không được biết, nhưng dựa trên các bằng chứng có sẵn, dơi ăn quả được coi là ổ chứa tự nhiên của mầm bệnh.
Dơi ăn quả, hay còn gọi là cáo bay, là những con dơi lớn sống trong rừng sông . Có ít nhất ba loài dơi mang virus khỏe mạnh (Ebola ở loài động vật này không gây ra bất kỳ triệu chứng nào): dơi đầu búa (Hypsignathus monstrosus), dơi ăn quả từ miếng đệm vai của Franquet (Epomops franqueti) từ cổ áo (Myonycteris torquata).
Nhưng làm thế nào mà sự lây nhiễm từ động vật sang người? Đối với người dân châu Phi, sống sót qua nhiều năm trong cuộc nội chiến, dơi là nguồn nuôi dưỡng. Không chỉ vậy. Các công ty phương Tây và Trung Quốc xâm nhập vào rừng để phá rừng và tìm kiếm khoáng sản đã làm tăng hoạt động của " thịt rừng ", tức là buôn bán và tiêu thụ thịt có nguồn gốc từ động vật hoang dã. Do đó, đàn ông, ăn linh dương hoặc tinh tinh bị nhiễm bởi dơi ( vật chủ trung gian ), có thể nhiễm virut Ebola và lây lan bệnh.
