Mặc dù ngày nay nó có vẻ rõ ràng đối với chúng ta nhưng điều đó là hiển nhiên, trong nhiều thiên niên kỷ, người đàn ông đã bỏ qua việc gây ra một số bệnh nhất định là các sinh vật cực nhỏ.
Cho đến năm 1600, cái gọi là lý thuyết tạo ra tự phát, theo đó một số sinh vật có thể tự sinh ra từ vật chất không sống, được coi là hợp lệ. Ví dụ kinh điển là ấu trùng, được coi là có khả năng tạo ra từ không có gì trong một mảnh thịt đang phân hủy.
Người đầu tiên vô hiệu hóa lý thuyết này là Francesco Redi, bác sĩ riêng của Đại công tước xứ Tuscany. Redi đặt hai miếng thịt tươi vào hai thùng riêng biệt, để cái thứ nhất mở và bảo vệ cái sau khỏi ruồi bằng võng mạc. Sau vài ngày, anh nhận thấy rằng chỉ có con tàu mở đang bò bằng ấu trùng. Redi, do đó, cho thấy rằng ấu trùng không được tạo ra từ không có gì mà bắt nguồn từ những quả trứng được đặt bởi ruồi.
Sự tồn tại của vi sinh vật bắt đầu chỉ nói vào thế kỷ thứ mười tám, nhờ các nghiên cứu của Modena Lazzaro Spallanzani, người đầu tiên đặt ra và giới thiệu trong tài liệu y học thuật ngữ "mầm mống". Tuy nhiên, việc phát hiện ra vi khuẩn được cho là do Antony Leeuwenhoek (1632-1723), một nhà kinh doanh mô thích kính hiển vi.
Leeuwenhoek quan sát làm thế nào, sau khi đánh răng, có "động vật sống" trong tiền gửi cao răng. Khám phá này được thực hiện nhờ tối ưu hóa kính hiển vi quang học mà chính Leeuwenhoek đã chế tạo và sau đó Hooke đã cải tiến hơn nữa.
Tuy nhiên, sự ra đời của kính hiển vi hiện đại đã mở ra những câu hỏi mới về lý thuyết tạo ra tự phát. Trên thực tế, từ những quan sát đầu tiên, trên thực tế, dường như việc tiếp xúc đơn giản với không khí của một chất hữu cơ trong một thời gian ngắn đã dẫn đến sự phát triển của vi trùng trên bề mặt của nó.
Để bác bỏ hoàn toàn giả thuyết về thế hệ vi khuẩn tự phát, nhà sinh vật học người Pháp Louis Pasteur đã can thiệp. Pasteur đun sôi nước dùng trong một bình thủy tinh cổ dài, được trang bị mỏ hình chữ S đặc biệt để ngăn chặn sự xâm nhập của bụi (và vi khuẩn có trong nó). Pasteur quan sát thấy rằng, nhờ những biện pháp này, vi khuẩn không phát triển trong nước dùng và do đó, vi trùng không được tạo ra một cách tự nhiên.
