Chẩn đoán bệnh sán lá gan châu Phi nên được xem xét ở tất cả những người ở lại khu vực châu Phi được coi là có nguy cơ mắc bệnh.
Giai đoạn đầu của bệnh ngủ rất khó chẩn đoán, vì nó gây ra các triệu chứng không đặc hiệu, chẳng hạn như sốt và yếu. Các phương pháp được sử dụng để xác định trực tiếp trypanosome liên quan đến việc phân tích các mẫu máu siêu nhỏ (phết tế bào hoặc giọt dày) hoặc hút dịch hạch bạch huyết. Các phát hiện trong phòng thí nghiệm không đặc hiệu khác cho thấy giảm pancytop, tăng ESR và PCR và tăng nồng độ IgM.
Khi ký sinh trùng xâm nhập hệ thống thần kinh trung ương và bệnh nhân bắt đầu có các triệu chứng thần kinh và tâm thần (phối hợp vận động kém, mất phương hướng, co giật và rối loạn giấc ngủ), việc đánh giá chẩn đoán đòi hỏi phải phân tích một mẫu dịch não tủy . Việc kiểm tra rượu cho phép phân lập trypanosome và làm nổi bật mức độ cao của tế bào lympho, tổng protein, sự gia tăng rõ rệt của IgM và các tế bào đặc trưng của Mott (tế bào plasma có không bào tế bào chất có chứa globulin miễn dịch).
