Khi ruồi tsetse lây nhiễm cho người đàn ông, nó tiêm vào các tế bào tam bội methaclic có trong tuyến nước bọt của nó bằng con đường xuyên da. Khi ở trong vật chủ, ký sinh trùng xâm nhập vào hệ bạch huyết và máu nơi chúng biến đổi thành các tripomastigote lưu hành và bắt đầu một hoạt động sinh sản không ngừng bằng cách phân tách nhị phân (giai đoạn tan máu).
Ký sinh trùng là định kỳ: những khoảnh khắc khi nó xen kẽ với những người khác trong đó nó bị giảm đột ngột để sản xuất các kháng thể cụ thể của sinh vật bị nhiễm bệnh. Tuy nhiên, một nhóm ký sinh trùng, bằng cách sửa đổi glycoprotein bề mặt, có thể tránh được phản ứng kháng thể. Chu kỳ nhân và ly giải được lặp lại.
Sau đó trong quá trình nhiễm trùng, các trypanosome xâm chiếm các hạch bạch huyết, lá lách, gan và nhiều cơ quan khác. Cái chết có thể xảy ra vài ngày sau khi có sự tham gia của hệ thống thần kinh trung ương ( giai đoạn meningo-encephalitic ).
Chu kỳ được duy trì khi một con ruồi nhặng ăn máu người hoặc động vật bị nhiễm bệnh. Trong vector, protozoon được nhân lên trong ruột, trước khi di chuyển vào tuyến nước bọt của côn trùng. Ruồi tsetse có thể truyền bệnh cho một động vật có vú khác hoặc cho người đàn ông bị chích mới nếu nó đã ít nhất 20 đến 30 ngày kể từ khi bị nhiễm bệnh.
